Já no comércio, como os supermercados, atacadistas e centros de distribuição, o foco da fiscalização é na coleta de amostras dos produtos.
Já a certificação, é realizada nas frutas para exportação apenas nos casos em que o país ou bloco econômico de destino da mercadoria faz exigências, acordadas oficialmente, em relação aos aspectos fitossanitários (certificação fitossanitária) ou relacionadas aos controles higiênico-sanitários realizados pelo exportador (certificação sanitária internacional vegetal).
A maioria dos países fazem seus controles de importação de frutas, com coleta de amostras e análises no momento da internalização do produto.
Conforme a Coordenação de Fiscalização da Qualidade Vegetal, as frutas exportadas devem ser livres de defeitos como podridão, manchas, deformações, danos mecânicos que afetem a casca, entre outros.
Os países que importam frutas brasileiras também fazem um controle rigoroso da presença de resíduos de agrotóxicos, sendo que a presença de resíduos e seus limites máximos permitidos, variam entre os países.
Além disso, atualmente no Brasil, existe o Plano Nacional de Controle de Resíduos e Contaminantes (PNCRC Vegetal), que estabelece metas de coleta de amostras anuais para frutas e outros produtos, a fim de verificar a presença de resíduos de agrotóxicos e outros contaminantes, levando a autuações e aplicação de multa aos responsáveis quando são verificadas não conformidades.
